Cell：领域内最权威专家撰写的新冠病毒溯源流行病学发表

2021年5月底，旧金山总统库珀下令：对新硕大大肠杆菌起源地进行时为其90天的核查。8月底月末是简报仍要时限。

尽管很多人在焦虑地回头核查结果，不过CNN简报了消息灵通民众的解释：

"nothing too earth shattering，"

（很难什么惊天动地的事情）

而另外面对面，研究者从学术数据分析的相反，亦未曾放弃综纯朴硕大大肠杆菌的起源地。

2021年8月底19日，Cell月刊上线了Andrew Rambaut，Kristian Andersen和Edward Holmes等人关于SARS-CoV-2起源地的综述，引起了大量发送和热议。

从传染病开始，关于大肠杆菌起源地的分子生物学数据分析和综述很多都来自于这三个数据分析团队，因此他们也是我重述和评论者多于的大肠杆菌起源地数据分析研究者。

Holmes和复旦大学合作，在传染病开始后第一整整在virological.org上传了第一个SARS-CoV-2碱基，踏入了现在所有诊断试剂盒抗病毒联合开发的许多现代碱基；其月内发表的Cell综述是大肠杆菌起源地的一篇佳作。

Andersen月内在virological.org和Nature Med的讨论篇文章指明了大肠杆菌起源地数据分析的方向，踏入了被重述多于的特别博士论文。

因此，这篇简介综述可以却说来自于这个层面最权威的研究者根据简介信息的重要论述。

之前我在微博上分析大肠杆菌碱基和理解很多硕大状大肠杆菌跨种的传播出新于兴趣，而今日这些素材换成了我的工作核心素材。我现在联合开发COVID-19抗病毒需分析大量猴子硕大状大肠杆菌的碱基和Western Blot结果，并协作多肽和假大肠杆菌，理解中和结果；因为这一从兴趣到工作素材的演进，让我对猴子硕大状大肠杆菌跨种的传播有了很多新的工程技术认识。而这篇简介综述结合了WHO简报，从简介的医学数据相反指出新了现在两栖动物跨种的传播是SARS-CoV-2的最可能会来源。

虽然2013年在通关县找到的RaTG13是现在已知与SARS-CoV-2基因碱基最吻合的硕大状大肠杆菌，但今日医公认的共识是RaTG13不是SARS-CoV-2的起源，而格外可能会是两个各有不同进化茎上的脱离大肠杆菌；从ORF1ab等碱基判断，另外三种在云南找到的猴子硕大状RmYN02，RpYN06和PrC31的潜在基因型整合大肠杆菌（都已被找到）可能会与SARS-CoV-2的起源极为吻合，这些数据分析来自于中国史家和Holmes。

我经常却说，硕大状大肠杆菌跨种的传播十分频繁，但是演进成大普及却比率很高。然而后悔的是，SARS-CoV-2的猴子寄生物或中间两栖动物寄生物为数不多仍未被找到，最初的跨亚种的传播意外事件也未被找到，这可能会是因为都已对应该的两栖动物亚种或种群进行时采样，或者SARS-CoV-2的先祖大肠杆菌处于很低普及静止状态。

事实上，很多全人类致病（仅限于埃博拉大肠杆菌、HIV大肠杆菌、HIV大肠杆菌以及硕大状大肠杆菌HCoV-HKU1和HCoV-NL63）的两栖动物起源地都已确定， 而史家通过十几年的密集数据分析才找到了与SARS-CoV较强超过95%的相似性并且可用人ACE2作为细胞因子的猴子硕大状大肠杆菌，从而锁定了其可能会的猴子起源地。

关于Lab Leak Theory，上曾上全世界lab leak（Laboratory截获）致病的意外事件并不罕见，但未曾有lab leak引起大普及的情况。这是因为lab leak相对于自然地起源地并能找到和控制。这篇综述篇文章从医学结论上，力图反驳了Shi四组可能会出新现Laboratory截获的情况。

篇文章全面精细地链接了比较好的医学结论：WIV发表的所有bat-CoV数据分析博士论文，指出新WIV和Shi四组只尝试分离和培植出新3种猴子硕大状大肠杆菌，WIV1-CoV，WIV16-CoV和Rs4874（Ge et al.， 2013；Hu et al.， 2017；Yang et al.， 2015），这三种大肠杆菌与SARS-CoV极为吻合，与SARS-CoV-2之遥较格外远。但是RaTG13未曾被尝试分离和培植。WIV也未曾分离或者协作较强完整的Furin碱基的猴子硕大状大肠杆菌。

严格来却说，Furin碱基也载于其他硕大状大肠杆菌如MERS-CoV，HCoV-OC43和HCoV-HKU1；而SARS-CoV-2可用的RRAR碱基是非常陈旧的酶活性整块形式。现在非常少的在SARS-CoV中加入Furin碱基并不来自WIV（Belouzard et al.， 2009；Follis et al.， 2006）。

另外，被欺骗人工附加的CGGtRNA也载于SARS-CoV。

颇具疑问的Gain-of-Function在传染病前并不是一个较强疑问的生物学数据分析，国际生物公认特别数据分析很多。WIV可用过SARS-CoV和WIV1-CoV骨架作为多肽，但与SARS-CoV-2之遥甚格外远。

WIV格外未开展过反向遗传技术协作活硕大状大肠杆菌。

因此，很难任何医学结论看做Laboratory截获。

同时，SARS-CoV-2不是猴子硕大状大肠杆菌通过体外传代步骤和两栖动物受到感染适应步骤建立的。SARS-CoV-2许多现代毒株很难受到感染小鼠，可以受到感染大量两栖动物的N501Y凋亡株是在世间广泛普及中演进成的。

这一点实际被大肠杆菌普及步骤反复验证。

SARS-CoV-2增强大肠杆菌可操作性从而减很低与ACE2结合并能，减很低的传播并能和免疫抛出新的不可或缺凋亡（D614G，N501Y，K417N/T，L452R和E484K/Q）全部是在世间大普及后付诸的，而不是“Laboratory内过份筛选的”。这一大肠杆菌在世间普及从而减很低可操作性的步骤，提醒大肠杆菌早期普及时的碱基和表型并不是大肠杆菌最佳的可操作性静止状态。

我虽然常却说硕大状大肠杆菌跨种普及频繁，但现在似乎，其引发世间大普及的频率无论如何也在加快。

这篇较强权威性质综述的意图，其实也是我反复强调的，就是寻找到大肠杆菌自然地起源地的两栖动物寄生物和跨种的传播途径对预防今后的硕大状大肠杆菌跨种普及至关重要。

许多现代出新处：

Edward C. Holmes， et al. The Origins of SARS-CoV-2： A Critical Review.Cell， 2021. DOI：https：//doi.org/10.1016/j.cell.2021.08.017.